Alfaro ocupa una llanura solo rota por varios y elevados cerros, entre los que destacan Yerga (1183 metros), al oeste del municipio, limitando con Autol y Grávalos; y Tambarria, en el lado oriental del término.

Está bañada por los ríos Alhama y Ebro. El río Alhama nace en la fuente de la Escudilla (Sierra del Almuerzo, Soria) y trás un curso de 84 km., desemboca en el Ebro. Es utilizado sobre todo para regadío. El Ebro nace en Fontibre (Cantabria), recorriendo 928 km. hasta desembocar en el Mediterraneo, en tierras de Tarragona. A su paso por Alfaro, tiega una extensa y privilegiada vega.

Hay otras dos fuentes de agua artificiales: el Pantano de la Molineta, construido en 1904 y próximo al nucleo de población. Consta de dos hoyas unidas entre sí, y permite regar 100 Ha. de terreno. Y el Canal de Lodosa, construido en 1915, con 123 km. de longitud, que permite regar 2597 Ha en Alfaro.

El clima es continental, con estaciones intermedias suaves de primavera y otoño, veranos calurosos e inviernos crudos.

Comunicaciones

N-232: Logroño (72 kms.), Vitoria (136 kms.), Santander (301 kms.), Bilbao (201 kms.), Zaragoza (101 kms.), Barcelona (399 kms.) y Valencia (452 kms.).
L-692: Soria (100 kms.) y Madrid (319 kms.).
L-6801: Pamplona (90 kms.).
A 6 kms., acceso a la autopista A-68 de Bilbao a Zaragoza.
Estación de ferrocarril, con la linea Bilbao-Castejón-Zaragoza.