Situada en las fronteras casi tradicionales de los reinos de Navarra y Castilla y rozando el de Aragón, sus tierras fueron discutidas, invadidas y ensangrentadas en muchas ocasiones.

Su origen se pierde en la lejania de los tiempos. Antes de llegar Roma, ya existía un poblado ibérico llamado Ilurcis. Con la dominación romana, el general Tiberio Sempronio Graco funda hacia el año 179 A.C., sobre el poblado existente la ciudad de Gracurris, localizada a dos kilómetros de la actual población. Formó parte del Convento Jurídico César Augustano. En tiempos de Tiberio, sus monedas indican que tuvo condición de municipio. Esta ciudad romana debió desaparecer hacia el siglo V D.C, ya que en el siglo VII no aparece en la carta del Papa Hilario, que hace una relación de las ciudades de esta región.

Posteriormente, vuelve a aparecer bajo la dominación árabe con el nombre de Alfaro. Posiblemente, este nombre viene de Faro (del árabe Al-Faruh), por la existencia de un castillo o atalaya desde la cual, con fuegos y ahumadas, se daba aviso a la frontera de la proximidad del enemigo. Fué la población riojana más tiempo sometida al dominio musulmán.

En la historia del Cid se menciona a Alfaro con motivo de su entrada en La Rioja desde Zaragoza en 1092. En esas fechas conquistó y asoló la ciudad, donde llegó a establecer su campamento.

Es reconquistada en 1118 por el rey Alfonso I el Batallador de Aragón y Navarra. El esplendor de la ciudad se produce durante el reinado del emperador Alfonso VII, que aparte de colmarla de dones y privilegios, le concede el título de noble.

En el año 1253, el rey Alfonso X el Sabio estuvo en Alfaro y eximió a la ciudad de pagar varios impuestos. Posteriormente, en el siglo XV, el rey Juán II concedió a la villa la merced de no poder ser enajenada ni separada de la corona. Hacia 1429, el príncipe Gascón de Foix puso cerco a la villa para anexionarla a Navarra, teniendo que levantar el asedio ante la resistencia de los alfareños. Enrique IV le concedió el título de Leal. El rango y categoría de ciudad le fué dispensado por Felipe IV en 1629.

Durante los siglos XVII y XVIII tuvo una gran prosperidad que dejó en Alfaro casas de numerosas familias ilustres: Quintana, Hurtado de Mendoza, González de Santa Cruz, Frías de Salazar...

Hasta la creación de la provincia de Logroño, por real decreto de 1833, formó parte de la provincia de Soria. En el censo de la corona de Castilla del siglo XVI figura con 7000 habitantes. En el censo de la provincia de Logroño de 1840 aparece con 4956 hab., llegándose a los 9160 en 1986. En la época de auge se sabe que la ciudad de Alfaro llegó a contar con 14000 vecinos.

Escudo de armas. En campo de gules, castillo de plata almenado de azul, con tres torrecillas. Arriba Corona Real con cinco florones de tres perlas cada uno y, en la base, esmeraldas y rubíes. Abajo llave de plata acostada.

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